Se eu pagar no PIX pelo WhatsApp, tenho direito ao desconto de 5%?

Não.
O desconto de 5% no PIX está vinculado ao canal de compra (site), e não apenas à forma de pagamento.

Mesmo que o pagamento seja feito via PIX, o desconto não se aplica a compras realizadas fora do site. Ao menos que esteja vigente para o Whatsapp os 5% de desconto por existência de alguma campanha em relação a isso.